由於寶可夢突然降臨在這個擁有現代文明的星球之上，一場不可避免的衝突誕生了，在付出了巨大的傷亡以後，寶可夢和這個世界的人類成功共生了
戰爭結束後，現代文明的結晶與寶可夢訓練家的崛起逐漸產生摩擦，擁有極強的個人生存及作戰能力的寶可夢訓練家終究不會屈服在國王的權威之下
在一場戰爭結束以後，另一場戰爭的萌芽已然在滋生